Pelialue on jaettu kahtia. Pelaaja hallitsee ruudun vasenta laitaa ja vihollinen oikeaa, ja molemmista päädyistä pukkaa ulos jatkuvalla syötöllä kolmiosaisia palkkeja. Kappaleen kukin osanen voi olla yhtä neljästä väristä, mutta pelaajan on turha yrittää kasata täysiä rivejä Tetriksen malliin. Alati täyttyvältä kentältä ei nimittäin mikään katoa ilman tähden näköisiä aktivointikappaleita, jotka tuhoavat kaikki yhtenä ketjuna olevat samanväriset palikat. Pelaajan onkin pyrittävä vääntämään palikoista mahdollisimman pitkiä ketjuja, jotta se seuraava aktivointitähti räjäyttäisi maailman suurimman jättipotin.
Sinänsä yksinkertaista pelimekaniikkaa mutkistavat erikoispalikat. Väripalkeista nimittäin löytyy
peruspallojen lisäksi myös isku- ja bonuspalasiakin. Siinä missä bonarit nopeuttavat erityiskikkoihin tarvittavan taikavoiman keräämistä, pääkallon näköisten iskupalasten tuhoaminen täyttää lyöntimittaria. Kun mittariin napsahtaa viisi kalloa, sankari heilauttaa kalpaansa ja iskee vastustajan otetta pelikentästä yhden rivin verran taaksepäin.
Juuri tämä ailahteleva rintama tekee Puzzle Chroniclesista vaikean. Huolimaton pelaaja kasaa pelialueensa pohjalle lupaavia väriketjuja, mutta jos vastustaja saa iskettyä pelaajaa käkättimeen, koko hieno pohjustus päätyy vihollisen haltuun. Jos kyseisessä rivissä sattuu vaikkapa olemaan aktivoimattomia iskupalikoita, turpasauna seuraa nopeasti toistaan. Sama pätee toiseen suuntaan - pelaaja saa vihollisen työllä ja vaivalla kasatut palikat omaan käyttöönsä, jos vain lyönnit ajoittaa oikein.
Puzzle Chronicles onkin yllättävän strateginen peli. Taisteluissa ei pitkälle pötki, jos tuijottaa vain omaa napaa. Pelaajan on opittava ottamaan huomioon vastustajan kasaamat kuviot sekä huomaamaan milloin sieltä on tulossa isku perille. Oman rikkansa soppaan heittävät erityiskikat kuten lemmikin raatelevat hyökkäykset, löydettävien esineiden tuomat efektit pelin kulkuun, sekä kokemustasojen tuomat bonukset hyökkäyksiin.
Sinänsä lupaava kokonaisuus kärsii kuitenkin hidastempoisuudesta. Yhdessä tappelussa voi helposti vierähtää kymmenen minuuttia, ja konflikteja on yhdessä ainoassa karttaruudussa varmasti ainakin puolen tusinaa. Oppimiskäyrä on myös kohtuullisen jyrkkä, sillä kentän hahmottaminen kokonaisuudessaan on työlästä puuhaa. Ulkoasukaan äänimaailmasta puhumattakaan ei maailmoja järisytä. Se tärkein eli älypelin kiehtovuus on kuitenkin rautainen ydin, ja se pitääkin pulmapeleistä pitävän pelaajan tiukasti otteessaan. Tällaisista pähkäilyistä pitäville Puzzle Chronicles tarjoaa taatusti rahalle hyvää vastinetta.