Snake Eater palaa ajallisesti aivan tarinan alkumaininkeihin, kun kylmä sota käy kuumimmillaan. Seikkailun pääosassa toimii superagentti Naked Snake, joka myöhemmin tunnetaan myös Big Bossina. Peli onkin eräänlainen kulmakivi koko sarjalle ja valottaa tapahtumia ennen ikonista Solid Snakea ja Metal Gearia. Käännöksen kannalta on elintärkeää, että kerronta ja juoni upeine hahmoineen ovat säilyneet 3DS:llä yhtä eeppisinä kuin aina ennenkin, ja näin pelin käänteisiin on helppo tempautua mukaan.
Tapahtumapaikkana toimii Neuvostoliiton viidakkoalue, jossa pelaaja joutuu paitsi hiiviskelemään ja hyödyntämään maastoon sopivia pukuja, myös keräämään ruokaa ja varusteita yrittäessään tunkeutua vihollisen alueille. Käsikonsoliversioon on lisätty muutamia erikoisominaisuuksia, kuten mahdollisuus ottaa kuvia maastopukuun ja tasapainotella silloilla laitetta kallistelemalla. Tietysti myös 3D-kuva antaa peliin oman lisänsä, vaikka grafiikka ei pääsekään HD-versioiden tasolle ja ajoittaista hidasteluakin esiintyy.
Hivenen hapuileva ohjaus on käännöksen selkein puute, ainakin mikäli peliä pelaa ilman Circle Pad Pro -lisälaitetta. Ilman sen tuomaan toista analogiohjainta tutut kontrollit vaihtavat paikkaa ja kameraohjaus ahdetaan rajallisiin painikkeisiin, jolloin pelaaminen ei vain tunnu luonnolliselta. Näin ollen Circle Pad Pro on miltei vaatimus "täysiverisen" MGS-kokemuksen saamiseen, vaikka sekään ei poista kaikkia nyanssiongelmia. On selvää, että peli on alkujaan suunniteltu toisenlaiseen laiteympäristöön. Joitain toimintoja on siirretty kosketusnäytölle, joka on ihan näppärä apu tiettyjen esineiden valintaan, mutta se ei ole kallistustasapainottelun tai muiden lisäysten kanssa sellainen vallankumous, joka nostaisi pelin kotikonsoliversioiden yläpuolelle.
Lisäksi kahdeksan vuoden jälkeen tietyt suunnitteluratkaisut alkavat tuntua ikääntyneiltä. Esimerkiksi heinikossa piilottelu ei aina kiteydy siihen, näyttääkö hahmo olevan piilossa, vaan mitä yläkulman näkyvyysprosentti sanoo. Toisaalta jännitystä pelistä ei edelleenkään puutu. Vihollisen selustaan hiippailu on 3DS:lläkin kutkuttavaa puuhaa, ja arvaamattomat käänteet pitävät varpaillaan.
Pelin kohdalla ei kuitenkaan voi olla spekuloimatta sitä, ovatko Nintendon usein aloittelijaystävälliseksi katsotut käsikonsolit oikea paikka Metal Gearille. Peliä harkitsevan on syytä muistaa, että kyseessä on iso seikkailu, joka ei välttämättä sovellu nopeaksi ja kevyeksi bussimatkapelaamiseksi. Tehtävien suorittaminen vaatii huolellisuutta ja malttia - seikkoja, jotka yleensä taipuvat paremmin olohuoneen isolle ruudulle. Tässä suhteessa vasta julkaistu Metal Gear Solid HD Collection voi olla suositeltavampi ostos.
Jos pelin koko ei kuitenkaan ole este eikä pelaamiseen ole tarjoutunut mahdollisuutta kotikonsoleilla, irtoaa tarinasta edelleen hienoja hetkiä. Ongelmineenkin Metal Gear Solid: Snake Eater 3D osoittaa jälleen, miksi Hideo Kojimaa arvostetaan suunnittelijana.